Современная патология человека в начале XXI века характеризуется существенным изменением этиологической структуры заболеваний: расширился спектр потенциально-патогенных микроорганизмов, снизилась роль традиционных патогенов, ежегодно в научной литературе публикуются сведения о новых возбудителях патологических процессов как вирусной, так и бактериальной природы, возрастает число инфекций, вызываемых ассоциациями микроорганизмов и атипичными штаммами. Всё большее значение в патологии начинает приобретать комбинированное воздействие микроорганизмов, их токсинов с ксенобиотиками различного происхождения, обладающими токсинпотенцирующим, иммуносупрессивным действием или нарушающими резистентность кожи и слизистых к колонизации несвойственными для хозяина микроорганизмами. Реальную опасность начинает приобретать возможность возникновения у человека и животных заболеваний, этиопатогенетически связанных с генно-инженерными штаммами. Изменению природы патологических процессов у человека способствует увеличение числа лиц с нарушенной микробной экологией кожи и слизистых, с врождёнными и приобретёнными иммунодефицитами, расширение спектра факторов окружающей среды и увеличение интенсивности их воздействия, способствующие селекции микробных агентов с повышенным патогенным потенциалом и снижению колонизационной резистентности, а также расширение ареала обитания человека, увеличивающее риск его контакта с ранее неизвестными патогенами, возрастание частоты и длительности контакта человека с биологическими объектами, усиление миграции населения и обмена товарами, изменение условий жизни и питания, глобальное изменение климата. Многие соматические болезни имеют в своей основе микробную природу и являются следствием нарушения микробной эндоэкологии организма хозяина, прежде всего микрофлоры его желудочно-кишечного тракта. Наряду с дальнейшими исследованиями в области традиционной инфекционной патологии, совершенствованием методов диагностики, профилактики и лечения, особую актуальность в настоящее время приобретает разработка экспрессных микробиологических, биохимических, биофизических и молекулярно-генетических методов оценки состояния микроэкологии человека и его колонизационной резистентности в различные возрастные периоды и при разных условиях среды обитания. Возрастающую практическую значимость приобретают научно-клинические исследования по выяснению роли микрофлоры кожи и слизистых человека в патогенезе болезней цивилизации: астмы и других аллергических заболеваний, атеросклероза, мочекаменной болезни, подагры, новообразований. Это может открыть новые перспективы в стратегии и тактике профилактики и лечения этих наиболее распространённых заболеваний человека, как это установлено для гастрита и язвенной болезни. Обнаружение молочнокислых и бифидобактерий, способных модифицировать метаболизм холестерина, щавелевой кислоты, гистамина, стероидных гормонов и др. соединений в организме человека, позволяет надеяться, что микроэкологические приёмы вскоре займут достойное место в арсенале лечебно-профилактических мероприятий, направленных на увеличение продолжительности жизни. Чрезвычайно актуальным является биотехнологический аспект медицинской микробной экологии. Открывается широкая перспектива использования содержимого толстой кишки человека для получения разнообразных фармакологически и иммунологически активных агентов (антибиотиков, сорбентов, радиопротекторов, гормонов, анальгетиков, антикоагулянтов, спазмолитических, гипотензивных, противоязвенных, антитромбических, гипохолестеринемических средств, иммуностимуляторов, иммуносупрессоров, ингибиторов различных ферментов, регуляторов нервной деятельности и поведенческих реакций), продуктов функционального питания. В области микроэкологической инженерии возможно установление стабильных ассоциаций микроорганизмов, способных контролировать и регулировать физиологические функции или биохимические реакции организма. Не вызывает сомнения, что научные и прикладные аспекты микробной экологии, связанные со здоровьем и заболеваниями человека, получат в XXI веке широкое признание и быстрое развитие.