Научно-производственная и педагогическая деятельность Шестакова В.Я. началась с 1978 года, когда он начал готовить к защите кандидатскую диссертацию, которая была успешно защищена в 1986 г.
В 1987 г. Владимир Яковлевич организовал кафедру «Основы медицинских знаний» Череповецкого педагогического института и возглавлял ее до 1996 г., когда данный институт, объединившись с индустриальным институтом г. Череповца, создал Череповецкий государственный университет. В этом же году он защитил докторскую диссертацию и получил ученое звание профессора.
После создания университета Шестаков Владимир Яковлевич организовал и возглавил институт «Валеологии», получил лицензию на обучение студентов по специальности «педагог - валеолог», набрал группу студентов (необходимо заметить, что конкурс на данную специальность был один из самых больших), набранная группа с отличными результатами была выпущена через 5 лет обучения, ни одного студента за время обучения не было потеряно.
К сожалению, в этот период специальность была закрыта и исключена из реестра специальностей министерства образования. Владимир Яковлевич не счел возможным продолжить существования института «Валеологии» после закрытия основной специальности и перешел на работу в качестве заместителя директора Череповецкого филиала Университета Российской Академии Образования (г. Москва) в данной должности пребываю до настоящего времени.
Также, результатом научно-производственной и педагогической деятельности можно считать около 100 публикаций - научных работ, учебно - методических работ и 4 - х монографий.
В настоящее время, кроме того, что состоит членом - корреспондентом РАЕ, он является действительным членом Российской Академии Естественных наук, возглавляет Череповецкий региональный центр РАЕН, в который входят 8 академиков, 10 членов-корреспондентов и 2 членов центра.
Ежегодно организует и проводит научно - практические конференции межвузовского уровня, с ежегодным выпуском сборников тезисов. Традиционно конференция проводится по 9 направлениям - юридическое, математическое, медицинское, филологическое, историческое, лингвистическое, металлургическое, педагогическое, экономическое.
С 20 октября 1998 г. член-корреспондент Российской Академии Естествознания.