Различают два уровня охраны природы: популяционно-видовой и экосистемный. На популяционно-видовом уровне охрана популяций или видов реализуется в рационально используемых экосистемах. На экосистемном уровне охраняются целые экосистемы в составе особо охраняемых природных территорий (ООПТ).
Экосистемный уровень охраны природы более эффективен. Для охраны экосистем создаются разные ООПТ - экосистемы, где полностью прекращено хозяйственное использование или оно жестко нормируется и не превышает порогов, гарантирующих сохранение экологического равновесия. Общая площадь ООПТ в РБ составляет 7 % территории. По решению ЮНЕСКО охраной природы должно быть охвачено не менее 30 % территории (Для сравнения: в США - 44 %, Эквадоре - 43 %, Венесуэле - 36 %, Дании - 32 %, Германии - 27 %, РФ - 4 %)
Начиная с 2002 года, в республике осуществляются мероприятия по формированию системы охраняемых природных территорий. Система охраняемых природных территорий Республики Башкортостан (СОПТ) - это комплекс функционально и территориально взаимосвязанных территорий, который проектируется с учетом природных, социально-культурных и национальных особенностей республики. Одной из составляющих правовой базы СОПТ является «Концепция развития системы охраняемых природных территорий в Республике Башкортостан», утвержденная постановлением Правительства Республики Башкортостан от 1 сентября 2003 г. № 209.
Наряду с уже существующими особо охраняемыми природными территориями (заповедники, национальные и природные парки, заказники, памятники природы и округа санитарной, горно-санитарной охраны санаториев, курортов и источников водоснабжения) в СОПТ включены существующие водоохранные и зеленые зоны, особо защитные участки лесов (около 16 %), а также особо охраняемые природные территории, планируемые для организации, из них 4 природных парка - «Иремель», «Ирендык», «Агидель», «Крыкты» и заказник в Мишкинском районе на землях, зарезервированных под особо охраняемые природные территории. Общая площадь планируемых для организации территорий составляет 3,5% от территории республики.
Создание и развитие особо охраняемых природных территорий (ООПТ) в республике, хотя и началось очень давно (Башкирский заповедник был основан в 1929 г., Уфимский ботанический сад - в 1932 г.), но происходило стихийно, в основном, по предложениям с мест, без обследования и научного обоснования необходимости создания той или иной территории, без взаимной увязки их в единую природоохранную систему.
В последние годы подходы к созданию новых ООПТ изменились, теперь они создаются на основе предварительных исследований и заключения специализированной лаборатории. Дальнейшее развитие системы ООПТ будет осуществляться на основе одобренного постановлением Правительства Республики Башкортостан от 3.12.2004 г. № 234 плана-схемы системы охраняемых природных территорий.
Важной задачей в развитии сети ООПТ является скорейшее учреждение новых заказников и памятников природы, предложенных и большей частью уже спроектированных учеными республики. При определении перспективы развития сети особо охраняемых природных территорий республики очень важна увязка деятельности ООПТ с основными долгосрочными программами в лесном хозяйстве и планами развития районов.
В большом потоке рекомендаций по организации территорий не все предложения достаточно обоснованы, прежде игнорируется принцип уникальности ООПТ. Поэтому проекты всех предлагаемых новых ООПТ должны проходить строгую научную экспертизу.
Несмотря на имеющиеся успехи в области развития системы ООПТ, остаются нерешенные проблемы:
- неудовлетворительное финансирование и материально-техническое обеспечение ООПТ;
- высокий процент износа производственных и жилищных фондов заповедников и национальных парков;
- недостаточная финансовая обеспеченность научно-исследовательских работ в заповедниках и неэффективное научно-методическое руководство их деятельностью со стороны Академии наук РБ и других научных учреждений республики;
- слабые научные, информационные и партнерские связи в системе ООПТ Республики Башкортостан;
- неурегулированность земельных, правовых, имущественных и иных отношений между ООПТ и организациями, расположенными в их границах.
Для успешного функционирования ООПТ важно обеспечить не только государственную поддержку их деятельности, но и активное участие общественных организаций и граждан республики в процессе их формирования.
Общественные организации, юридические лица, пользуясь правом инициативы по созданию ООПТ, могут оказать действенную помощь в организации, охране, использовании ООПТ, а также оказать финансовую поддержку целевых природоохранных программ по развитию сети ООПТ.
Уфимский государственный нефтяной технический университет (УГНТУ) и организованный им совместно с администрацией Орджоникидзевского района г. Уфы, Фонд поддержки современных образовательных технологий, активно внедряют интегрированную многопредметную модель изучения экологии в подшефном физико-математическом лицее, формируемом на базе уфимской СШ № 83, в «Классах УГНТУ» в составе школ г. Уфы и районов РБ, а также на подготовительном отделении (рабфаке).
Предметы «Природа и экология РБ», «Экологические проблемы РБ включены в учебные планы многих специальностей, особенно горного и технологического факультета, выпускники которых по роду своей деятельности оказывают наибольшее разрушающее воздействие на окружающую среду. Большое внимание уделяется изучению ООПТ. Студенты специальности «Охрана окружающей среды» изучают основы экологического мониторинга состояния территорий в заповедниках и заказниках. Ученые кафедры «Прикладной экологии» проводят микробиологические исследования микрофлоры почвы в районах, практически не подвергающихся влиянию человека и, наоборот, испытывающих сильное антропогенное влияние. В 2006 г. планируется организация экологического похода-экспедиции лицеистов (9-10 классов) по реке Нугуш, протекающей по территории национального парка «Башкирия».
Активное взаимодействие государственных органов управления и контроля природоохранного блока, а также ведущих научно-исследовательских учреждений и вузов позволит реализовать принципы системного и комплексного подхода к созданию и совершенствованию сети ООПТ.